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No Conselho Superior da Magistratura existem Órgãos colegiais Deliberativos (Conselho Plenário, Conselho Permanente e Conselho Administrativo), Órgãos colegiais de Coordenação (Secção de acompanhamento e ligação aos tribunais judiciais e Secção de acompanhamento das acções de formação e do recrutamento) e Órgãos de Direcção (Presidente, Vice-Presidente e Juiz-Secretário).

É constituído pelo Presidente e todos os membros do Conselho, sendo da sua competência, entre outras:

• Nomear, colocar, transferir, promover, exonerar, apreciar o mérito profissional, exercer a acção disciplinar e, em geral, praticar todos os actos de idêntica natureza respeitante aos magistrados judiciais colocados no Supremo Tribunal de Justiça (Juízes Conselheiros) e nos Tribunais das Relações (Juízes Desembargadores);
  
• Fixar o número e composição das secções desses mesmos Tribunais Superiores, bem como determinar outras providências relativas aos mesmos;
• Apreciar e decidir as reclamações contra actos praticados pelo Conselho Permanente, pelo Presidente, pelo Vice-Presidente ou pelos vogais;
• Emitir pareceres sobre diplomas legais relativos à organização judiciária e ao Estatuto dos Magistrados Judiciais e, em geral, estudar e propor ao Ministro da Justiça providências legislativas com vista à eficiência e ao aperfeiçoamento das instituições judiciárias.

As reuniões do Plenário têm lugar ordinariamente uma vez por mês e extraordinariamente sempre que convocadas pelo presidente.

É composto pelo Presidente, pelo Vice-Presidente, por um Juiz da Relação, dois juízes de Direito, um dos vogais eleitos pelo Presidente da República, dois vogais de entre os eleitos pela Assembleia da República, sendo da sua competência, entre outras:

• Nomear, colocar, transferir, promover, exonerar, apreciar o mérito profissional, exercer a acção disciplinar e, em geral, praticar todos os actos de idêntica natureza respeitante a magistrados judiciais colocados nos tribunais da Primeira Instância;
• Elaborar o plano anual das inspecções, bem como ordenar inspecções, sindicâncias e inquéritos aos serviços judiciais e alterar a distribuição de processos aos tribunais com mais de uma vara ou juízo, a fim de assegurar a igualação e operacionalidade dos serviços, podendo tais atribuições serem avocadas a todo o tempo pelo Conselho Plenário.

O Conselho Permanente reúne ordinariamente uma vez por mês e extraordinariamente sempre que convocado pelo presidente

Reúne, ordinariamente, uma vez por mês, e extraordinariamente, sempre que convocado pelo presidente, por sua iniciativa ou a pedido de três dos seus membros. 

É composto pelo presidente, pelo vice-presidente, pelo secretário, por três membros eleitos anualmente pelo plenário, e pelo director dos serviços administrativos e financeiros.

Compete ao Conselho Administrativo, nomeadamente:

• Dar parecer sobre planos anuais de actividades e sobre os respectivos relatórios de execução;
• Emitir parecer sobre o projecto de orçamento anual e as suas alterações, submetendo-o à aprovação do Conselho Superior da Magistratura;
• Autorizar as despesas que não devam ser autorizadas pelo presidente;
• Autorizar o pagamento das despesas qualquer que seja a entidade que tenha concedido a respectiva autorização;
• Aprovar as contas de gerência e promover o seu envio ao Tribunal de Contas, à Presidência do Conselho de Ministros e ao Ministério das Finanças, bem como proceder à comunicação da conta de gerência anual ao Ministro da Justiça.

É composta pelo Presidente, que coordena, pelo Vice-Presidente e por seis Vogais eleitos pelo plenário.

Compete à secção de acompanhamento e ligação aos Tribunais Judiciais:

• Tratar a informação facultada pelos serviços de inspecção e recolher outra relativa à situação de cada um dos tribunais judiciais e divulgá-la junto dos membros e do secretário do Conselho Superior da Magistratura;
• Elaborar previsões sobre as necessidades de colocação de Juízes;
• Assegurar os contactos, recebendo e promovendo a comunicação entre os Juízes dos Tribunais Judiciais e o Conselho Superior da Magistratura, reparando e orientando o seguimento das exposições apresentadas;
• Propor junto dos órgãos de deliberação do Conselho Superior da Magistratura medidas para solucionar dificuldades de funcionamento detectadas nos Tribunais Judiciais, designadamente na gestão das nomeações, colocações, transferências e substituições dos juízes dos tribunais judiciais e colaborar na execução das medidas que venham a ser adoptadas;
• Assegurar a apreciação e seguimento dos requerimentos e reclamações relativos ao funcionamento dos Tribunais Judiciais, recebidos no Conselho Superior da Magistratura;
• Emitir parecer sobre o relatório anual sobre o estado dos serviços nos Tribunais Judiciais, submetendo-o à aprovação do Plenário.
  

É composta pelo Presidente, que coordena, e por dois membros do Conselho Superior da Magistratura, um dos quais obrigatoriamente magistrado de categoria superior à de Juiz de Direito.

Compete a esta Secção:

• Acompanhar as actividades de formação inicial e de formação contínua realizadas pelo Centro de Estudos Judiciários (C.E.J.), assegurando uma eficaz ligação com este Centro por parte do Conselho Superior da Magistratura (C.S.M.);
• Apresentar sugestões e propostas relativamente a planos de estudo e de actividades destinados à formação inicial e contínua de juízes, a submeter ao plenário do C.S.M., cabendo-lhe dar execução às decisões deste;
• Coordenar os trâmites da designação de juízes para júris de concurso de ingresso na formação inicial e para formadores do C.E.J., bem como para outras actividades no âmbito da formação realizada por este estabelecimento, de acordo com o previsto na lei;
• Assegurar a articulação com o C.E.J. nos processos de nomeação de juízes para docentes deste estabelecimento;
• Coordenar os procedimentos de nomeação dos juízes em regime de estágio e assegurar a articulação com o C.E.J. na fase de estágio, nos termos da lei.

O Presidente
Ao Presidente do Conselho Superior da Magistratura compete, nomeadamente:

• Exercer os poderes administrativos e financeiros idênticos aos que integram a competência ministerial, bem como representar o Conselho em juízo e fora dele;
• Autorizar a abertura de concursos para a admissão de pessoal para os seus quadros, celebrar, prorrogar, renovar e rescindir contratos de pessoal, autorizar destacamentos, requisições, transferências, permutas e comissões de serviço, nos termos da lei geral vigente;
• Dirigir e coordenar os serviços de inspecções.

O Vice-Presidente
Ao Vice-Presidente compete substituir o Presidente nas suas faltas ou impedimentos e exercer as funções que lhe forem delegadas.

O Juiz-Secretário
O Juiz-Secretário do Conselho Superior da Magistratura, detém as competências dos directores-gerais relativamente à gestão das instalações, do equipamento e do pessoal do Conselho Superior da Magistratura.

Compete-lhe ainda:

• Orientar e dirigir os serviços da secretaria, sob a superintendência do Presidente;
• Preparar a proposta de orçamento do Conselho;
• Elaborar propostas de movimento judicial;
• Solicitar dos Tribunais ou de quaisquer outras entidades públicas e privadas as informações necessárias ao bom funcionamento dos serviços.